棉花为常异花授粉作物，一般异交率为3%～20%。棉花的原种生产主要采用“三圃制”或“自交混繁法”进行。
1.单株选择单株选择可以在原种圃或株系圃当选的株系中进行。
田间选择分两次。第一次在结铃盛期。第二次在吐絮后期收花前，根据吐絮情况、成熟早晚等进行复选。选择单株的具体数量根据下年株行圃面积而定。
中选单株，每株收中部果枝内围棉铃正常吐絮的6～8个棉铃，按单株分别编号，装入纸袋或布袋，袋内外标明品种名称、株号、收摘铃数等。晾干后，进行室内考种。
根据考种结果和品种典型的特征特性进行决选。决选单株妥善保存，作为下年株行圃的种子。
2.株行圃 在田间按顺序种植上年当选的植株，每株点播1行，对照行和保护行均应为本品种的原种。
做好各生育期的观察记载。包括苗期、花铃期、吐絮期。用手感法大体评价纤维、籽棉品质。
如果一个株行内有一棵杂株，或者植株性状符合该品种的典型性，但结铃性、抗逆性、生育期等不如对照行的，则全行淘汰。
对中选株行，采收中部果枝上第1～2节位吐絮完好的内围棉铃20～30个作室内考种材料，其余及时收摘，一行一袋，内外有牌子，对应编号。晒干后室内考种。根据测产和室内考种结果，决选出优良株行。株行圃的淘汰率一般为30%～40%。
3.株系圃 为了减少试验误差，把当选株行的种子分成两部分，分别种在株系鉴定圃和株系繁殖圃。
(1)株系鉴定圃 上年中选株行的种子，取部分种成小区。每隔若干行种两行原种作对照。田间观察记载同株行圃。凡不符合原品种典型性状或杂株率在 10%以上的株系予以淘汰。
(2)株系繁殖圃 种植当选株行的剩余种子。每株种成一个小区。选留在株系鉴定圃中对应的入选株系，经过严格的去杂、去劣后，分别收获、混合轧花。
4.原种圃将上年入选株系的种子混合种植，即为原种圃。在苗期、花铃期拔除杂、劣株，在霜前正常花混收，轧花后成为原种。
采用三圃制生产棉花原种一般用于基础种子纯度较低、混杂退化比较严重的品种。如果基础种子的纯度较高，则可省去株系圃，从株行圃直接淘汰杂株、劣株后，将各入选株行种子混合繁殖。